Para aliviar la sobrepoblación de la Prisión Provincial de Zaragoza, y al mismo tiempo permitir separar a los prisioneros de guerra de los presos por delitos comunes las autoridades militares dotaron a Zaragoza de dos nuevos centros de reclusión. El primer centro de confinamiento de carácter militar que se habilitó fue el campo de concentración de San Gregorio, puesto en marcha entre los meses de noviembre de 1936 y enero de 1937. Ante el hacinamiento que existía en San Gregorio se decide en enero de 1938 la puesta en servicio de un campo de concentración en San Juan de Mozarrifar. El lugar elegido para su instalación fueron las naves de la antigua ¿Papelera de las Navas¿ a orillas del río Gállego, junto al Tejar de San Juan, en aquellos momentos ocupada por un batallón italiano denominado Cuerpo de Tropa Voluntaria y el Batallón de Trajadoores número 20 dependiente de San Gregorio.

Para su acondicionamiento y habilitación como campo de concentración se procedió a asegurar puertas y ventanas, se electrifica el campo y levanta tapias, alambradas y garitas.

En un principio se crea San Juan para un volumen de 1800 presos llegados del frente y se dota el mando con un capitán, un teniente, tres sargentos, seis cabos y un capellán además de tropa formada por soldados italiano, quienes se hicieron famosos por actuar fuera de los códigos de la justicia militar, atando a los presos de pies y manos a árboles y postes eléctricos. Al comienzo de la Batalla del Ebro ya se había acondicionado para una capacidad de 3000 prisioneros.

El campo de concentración de San Juan de Mozarrifar fue el más importante de la retaguardia en el este peninsular. Ya desde el inicio de su actividad, miles de republicanos son encerrados en sus muros bajo la vigilancia de soldados fascistas italianos para ser interrogados, clasificados según su grado de supuesta culpabilidad o vinculación con los leales a la República y posteriormente remitidos a otras prisiones y campos de sus lugares de origen, para allí ser juzgados, condenados y en muchos miles de casos, asesinados. Las nuevas derrotas del Ejército Republicano en Teruel (febrero/abril 1938), Ebro (julio/noviembre 1938) y Cataluña (diciembre 1938 / febrero 1939) provocaron nuevas oleadas de prisioneros a San Juan.

El incesante trasiego no finalizó con la guerra. Miles de republicanos procedentes de los antiguos frentes vascos, catalanes y aragoneses, de las antiguas retaguardias navarras y castellanas y de las nuevas conquistas en Madrid, Ciudad Real, Extremadura, Andalucía y Levante fueron deportados a San Juan de Mozarrifar y desde allí, posteriormente, trasladados a Aranda de Duero y Miranda de Ebro (Burgos), San Marcos (León) entre otros lugares.

Inicialmente se componía de 11 pabellones, nueve destinados a reclusos, uno a enfermería y otro a celdas. A partir de 1942 la colonia de presos se fue reduciendo pasando a ser solamente nueve: siete pabellones más enfermería y celdas. Las condiciones de San Juan eran similares a las del resto de los centros de detención e internamiento: torturas, malos tratos, suciedad, hambre, enfermedades sobrevenidas, parásitos, sacas, paseos y muerte.

El campo de concentración de San Juan de Mozarrifar no solo ejercio las funciones de centro de clasificación y distribución de los presos sino que se convertirá en un centro de cumplimiento de penas, el conocido hasta finales de 1943 como Prisión Habilitada de San Juan de Mozarrifar, en la que los presos políticos convivían junto a los presos comunes (aproximadamente un 3% del total).

El cierre se debió producir a final de 1943 ya que los últimos datos conocidos son de enero de 1944 en el que los funcionarios de San Juan son recolocados en las cárceles de Huesca y de Zaragoza.