Recibió la Corona de Aragón de su hermano Alfonso V.
En 1425 se convirtió en rey de Navarra gracias al matrimonio con la reina Blanca, un título que, cuando ella murió en 1441, él retuvo para sí en detrimento del hijo y heredero de ambos, Carlos de Viana, dando paso a una guerra civil en este reino. Ese enfrentamiento familiar, combinado con las tensiones entre la monarquía y la oligarquía de Barcelona, ocasionaron la sublevación de Cataluña en 1462.
Estas circunstancias adversas hacen que su etapa esté dominada por la guerra persistente y la crisis política y social, no obstante lo cual superó las dificultades internas y externas y pudo imponer una línea de gobierno autoritaria.
Murió el 20 de enero de 1479 y fue sepultado en el monasterio de Poblet.
- Se conservan 198 registros de su reinado en la sección de Real Cancillería del Archivo de la Corona de Aragón, digitalizados en la página Portal de Archivos Españoles del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte.
- Gonzalo García de Santa María, Serenissimi principis Joannis Secundi Aragonum regis vita. Edición y estudio: Antonio Paz y Meliá, Colección de documentos inéditos para la historia de España. Vol. LXXXVIII, Madrid , Impresor Miguel Ginesta, 1887, pp. 175-274.
- Jaime Vicens Vives, Juan II de Aragón (1398-1479): Monarquía y revolución en la España del siglo XV, Barcelona, Editorial Teide, 1953.