La V Región Militar, también conocida como Capitanía General de Aragón, corresponde a una subdivisión del territorio español desde el punto de vista militar en cuanto a la asignación de recursos humanos y materiales con vistas a la defensa. Establecida a comienzos del siglo XVIII, con sede en Zaragoza englobaba a las tres provincias aragonesas: Zaragoza, Huesca y Teruel. Desde 1893 incluyó además a las provincias de Soria y Guadalajara.

Durante la II República las regiones militares fueron sustituidas por Divisiones Orgánicas mandadas por un general de División, restableciéndose en el año 1939 mediante orden de 4 de julio de 1939 que dividio el territorio nacional en 9 regiones militares. La Quinta Región Militar, Capitanía General de Zaragoza extendería su jurisdicción sobre las provincias de Zaragoza, Huesca, Teruel, Soria y Guadalajara, perdiendo Guadalajara en la reorganización de 1942.

La Quinta Región Militar desapareció a todos los efectos en 1984, al crearse la Región Pirenaica Oriental, que englobaba las provincias de Cataluña y Aragón, y tenía como capital a Barcelona. Las Regiones Militares españolas acabaron desapareciendo con el Real Decreto de 6 de septiembre de 2002 en el marco de una nueva reorganización de las fuerzas del Ejército de Tierra.

De acuerdo al Código de Justicia Militar de 1890 los Capitanes Generales de distrito ejercían desde finales del siglo XIX, junto con otras autoridades y tribunales, la jurisdicción de guerra, y así estaban capacitados para resolver los asuntos de justicia, previo dictamen de un Auditor de Guerra. Serían los encargados de ordenar la formación de causas, dirigir los procedimientos y resolver las dudas que surjiesen, aprobar sentencias de consejos de guerra ordinarios en función de las penas recaídas o del delito cometido, llevar a ejecución las sentencias o aplicar indultos y amnistías.

En cuanto a las Auditorías el Código de 1890 establecia que en las Capitanías generales de distrito, ejércitos en campaña, prevenidos o de ocupación, cuerpos de Ejército, divisiones ó brigadas, plazas de guerra y Gobiernos militares, habrá los auditores y demás funcionarios del Cuerpo Jurídico Militar que exijan las atenciones del servicio, según las atribuciones judiciales de las Autoridades ó Jefes militares respectivos. Las atribuciones del Auditor quedaban reducidas a la emisión de juicio en casos de interpretación o aplicación de las leyes y a proponer las resoluciones que considerara convenientes.

A partir de 1931 los auditores designarán jueces, sostendrán las competencias, llevarán los turnos para la composición de los consejos y podrán interponer recursos contra los fallos de éstos cuando no los creyeren ajustados a derecho. Estas nuevas competencias de los Auditores serán perfectamente trazadas en un decreto del Mininsterio de Guerra publicado en la Gaceta el 4 de junio de 1931, en el que se dispone que asuman todas las funciones que el Código de Justicia Militar atribuye en el orden judicial a los Capitanes Generales de Región, Ejército o Distrito.

A partir de la Guerra Civil se produce la militarización de la justicia que se tradujo en una ampliación de la jurisdicción militar sobre la población civil, equiparando delitos del código penal ordinario a la jurisdicción militar. La justicia pasó a ser patrimonio exclusivo del aparato militar. En este contexto las Auditorias de Guerra fueron tribunales miliares que juzgaron en consejo de guerra fundamentalmente mediante procedimientos sumarísimos tanto a los prisioneros de guerra republicanos capturados en acción bélica como a infinidad de civiles detenidos por la autoridad militar durante y después de la Guerra acusados de auxilio a la rebelión, tenencia de armas, terrorismo, etc.

Finalizada la guerra se mantiene la aplicación de los procedimientos sumarísimos a todas las causas y en la facultad de las autoridades militares para constituir Consejos de Guerra por delitos cometidos contra el Movimiento Nacional. Con el propósito de reducir trámites innecesarios, mediante ley de 6 de noviembre de 1942 se determina que en los asuntos derivados del Alzamiento Nacional, los Jueces instructores eleven directamente las actuaciones a la Auditoría de guerra respectiva, sin pasar por la autoridad judicial. De esta forma, el auditor resolverá todos los incidentes de los procedimientos sin dar cuenta al Capitán General de la jurisdicción, al que propondrá únicamente los acuerdos que tengan carácter definitivo.

La Justicia militar ampliará sus competencias de forma considerable con la publicación del nuevo Código de Justicia Militar de 1945 que permanecerá en vigor hasta el final de la dictadura. Se establece que en las residencias o cuarteles generales de las autoridades judiciales habrá los auditores que exijan las atenciones del servicio, correspondiéndoles emitir juicio en todos los casos de interpretación o aplicación de las leyes, dirigir bajo la inspección de la autodidad judicial la tramitación de los procedimientos y proponer lo pertinente respecto a las resoluciones de su privativa competencia.

Ya en el año 1987, la ley Orgánica 4/1987 de Competencia y Organización de la Jurisdicción Militar atribuye, de forma exclusiva, la función jurisdiccional a los órganos judiciales militares dejando fuera los de mando que tradicionalmente habían tenido esa potestad. De este modo la competencia de la jurisdicción militar se circunscribe, en tiempo de paz, al ámbito estrictamente castrense, conociendo de las conductas tipificadas como delito en el Código penal militar.

El Tribunal Militar Central y cinco Tribunales Militares Territoriales con sede en Madrid, Sevilla, Barcelona, La Coruña y Santa Cruz de Tenerife llevarán el peso de la actividad jurisdiccional. La instrucción de los procedimientos penales militares, la vigilancia judicial penitenciaria en relación con los establecimientos penitenciarios militares y la práctica de las diligencias encomendadas por otro órgano jurisdiccional se atribuye a los Juzgados togados militares, ya sean centrales o territoriales, en función del órgano que deba conocer del procedimiento.

Dada la amplitud territorial abarcada por el Tribunal Militar Tercero de Barcelona, cuya área de actuación se exiende a Cataluña, Aragón, Navarra e Islas Baleares, se organiza en tres Juzgados Togados Militares Territoriales: el número 31 (Barcelona), nº 32 (Zaragoza) y nº 33 (Palma de Mallorca). El Juzgado Togado Militar Territorial nº 32 (Zaragoza), vendrá a ser el sucesor de la antigua Auditoría de Guerra de la Quinta Región Militar.