Suprimidas las Juntas Provinciales y Municipales en 1868, reaparecerán en 1873 con el nombre de Juntas Provinciales de Beneficencia Particular, restringiendo su actuación al ámbito de la beneficencia particular, mientras que la beneficencia pública será encomendada a las Diputaciones Provinciales. Esta distinción entre beneficencia pública y privada se mantendrá con carácter definitivo hasta la actualidad.

Un Real Decreto de 14 de marzo de 1899 y la Instrucción que lo complementa se convertirá en la norma básica para el ejercicio de la funciones del control que el Estado asume respecto de las fundaciones privadas de beneficencia, funciones ejercidas a través de las Juntas Provinciales y que son, básicamente, el asesoramiento legal, el control económico y el control de cumplimiento de fines.

En 1946 (decreto de 11 de octubre de 1946) se decidió la supresión de las Comisiones Provinciales de Subsidio al Combatiente, haciéndose cargo de sus bienes, administración y liquidación las Juntas Provinciales de Beneficencia.

El Decreto 246/1968, de 15 de febrero, que reestructura los Gobiernos Civiles, suprime las Juntas Provinciales de Beneficencia y las sustituye por las Juntas Provinciales de Asistencia Social, cuya secretaría quedará integrada dentro de la sección de Asistencia Social de los Gobiernos Civiles.

El decreto 211/1978, de 10 de febrero, establece que las funciones de asistencia social que tenían las Juntas Provinciales de Asistencia Social pasen a las Delegaciones Territoriales del Ministerio de Sanidad y Seguridad Social.

Mediante Orden de 15 de enero de 1979 se suprimió las Juntas Provinciales de Asistencia Social y sus funciones pasaron a las Comisiones Provinciales Delegadas de Sanidad, Seguridad Social y Asuntos Sociales. La Administración del Estado ha ido transfiriendo a las Comunidades Autónomas las funciones de las antiguas Juntas, entre ellas las competencias sobre fundaciones que se traspasaron a la Comunidad Autónoma de Aragón por Real Decreto 569/1995 de 7 de abril.