El 1 de marzo de 1940 Francisco Franco firmaba la ley para la Represión de la Masonería y el Comunismo en la que se establecía esta nueva jurisdicción. El primer artículo de la ley es suficientemente ilustrativo del extraordinario alcance punitivo que se otorgaba a su aplicación ya que prácticamente cualquier conducta heterodoxa podría caer en el ámbito de una política represiva: ¿Constituye figura de delito, castigado conforme a las disposiciones de la presente Ley, el pertenecer a la masonería, al comunismo y a las demás asociaciones clandestinas¿.

Las penas iban desde la incautación de bienes hasta la reclusión mayor. Los masones, aparte de las sanciones económicas, quedaban automáticamente separados de cualquier empleo o cargo de carácter público. Se establecieron penas de veinte a treinta años de prisión para los grados superiores, y de doce a veinte para los cooperadores.

El 4 de junio de 1940 se decretaba la composición del Tribunal presidido por Marcelino Ulibarri y con la en el cual participaban como vocales, el general Francisco Borbón y de la Torre, el consejero nacional de Falange, Juan Granell Pascual, y los juristas Juan García Luna y Sánchez Tejerina. Unos meses después, en marzo de 1941, el tribunal fue reorganizado. Éste pasó a estar presidido por el teniente general Saliquet, con Wenceslao González Oliveros como vicepresidente, catedrático de Filosofía del Derecho, y, a la par, presidente del Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas.

El Tribunal Especial a pesar de estar constituido en junio de 1940 no comenzó a funcionar hasta el 1 de abril de 1941. El tribunal después de examinar todos los documentos que llegaban a su poder acordaba por regla general la tramitación del sumario. Los jueces instructores se encargaban de la apertura del procedimiento y de su trámite. Aunque inicialmente se dotó a la jurisdicción de dos jueces instructores especiales que se desplazaban desde sus oficinas de Madrid a todas las provincias, a finales de 1941 se hizo necesario añadir un tercero. Se citaba al encartado en un juzgado designado al efecto ¿que, podía pertenecer indistintamente a las jurisdicciones ordinaria o militar- donde se le notificaba la apertura de causa y se le informaba de su próximo llamamiento a juicio. El sumario era el resultado de volcar toda la información previa procedente de expedientes escritos por la Delegación de Asuntos Especiales, la Delegación de Estado para la Recuperación de Documentos, delaciones, servicios de información provinciales de la falange, delegaciones de orden público, la Comisaria General Político- Social de la Dirección General de Seguridad, el Archivo Masónico de la Comisaría General de Información y la Sección de Masonería del Servicio Nacional de Seguridad.

El tribunal estuvo en funcionamiento hasta que fue suprimido por la ley 154/1963 de 2 de diciembre, en el contexto de la creación del Tribunal de Orden Público como la nueva herramienta jurisdiccional para combatir a una oposición social, política y sindical mejor vertebrada. La Comisión Liquidadora que se encargó de rematar jurídicamente sus tareas se mantuvo en funcionamiento hasta 1971.