El congreso constituyente de la FIJL tuvo lugar en Madrid entre los días 22 y 24 de junio de 1932. Estaban representadas delegaciones sobre todo de Madrid, Barcelona, Valencia y Granada. Allí se redactó una declaración de Principios, tácticas y finalidades.

En su declaración de intenciones se establece que se trata de una entidad con el objeto de agrupar a jóvenes de ambos sexos que sientan las inquietudes sociales y el deseo de una superación que haga del ser humano un ser libre e igual a sus semejantes. Para estos fines, establecen que lucharán contra la propiedad, el principio de autoridad, el Estado, la política y la religión. Se utilizarán como medios charlas, conferencias, mítines, periódicos, folletos.

Rápidamente se extienden por toda España llegando a convertirse en la tercera rama del movimiento libertario junto a la CNT y la FAI.

Dentro de la FIJL se manifestaron tres tendencias en cuanto a sistema de organización. 1) Quienes mantenían que las Juventudes Libertarias tendrían que ser una sección de cultura y propaganda dentro de la FAI, apuesta encabezada por las Juventudes Libertarias de Cataluña. 2) Quienes pretendían crear una suerte de juventudes de CNT, postura expresada por los jóvenes granadinos. 3) Quienes pretendían que esta organización fuese autónoma tanto de la FAI como de la CNT, postura defendida por los jóvenes madrileños y que, finalmente, fue aceptada.

Al estallar la guerra civil, se dieron importantes tensiones sobre si se debía seguir la pauta de la colaboración antifascista que pregonaban los comités superiores de la CNT y de la FAI, o si se debería promover la revolución social con todas sus consecuencias. En Madrid muy pronto la FIJL siguió la postura colaboracionista. En Barcelona por contra se da una fuerte oposición al colaboracionismo.

Por su parte, en el frente de guerra participarán tanto en las milicias creadas por la CNT como en batallones organizados por la FIJL.

Tras la Guerra Civil Española el movimiento libertario se divide en dos: una parte radicada en España, represaliada por la dictadura franquista y reconstruida varias veces. Y la otra radicada en Francia, formada por exiliados de la dictadura franquista.

Tras la muerte de Franco, se suceden los intentos por reconstruir la Federación pero sin demasiado éxito.