El origen de CCOO se encuentra en las primeras movilizaciones y conflictos laborales desarrollados a finales de la década de los 40 y principios de los 50 al margen del sistema sindical franquista. Así en muchos lugares los trabajadores empiezan a nombrar a comisiones formadas por las personas más combativas que asumen la representación y tratan de negociar mejoras con la patronal. Esas primeras comisiones obreras espontáneas que nacían y morían con cada conflicto, fueron impulsadas por el Partido Comunista de España (PCE), movimientos cristianos obreros y otros colectivos opuestos al régimen franquista. Una de las primeras comisiones obreras nombradas con tal nombre es la formada en Asturias con ocasión de una huelga en la mina La Camocha (Gijón) en el año 1957.

Pero no será hasta el año 1964 cuando se constituyan en Madrid, Barcelona y Euzkadi comisiones obreras estables, lo que significó la transformación de un movimiento espontáneo en un movimiento organizado, logrando la permanencia y la coordinación, en gran medida, del movimiento obrero español bajo el franquismo. Las elecciones sindicales de 1966 son un triunfo rotundo para los enlaces y vocales jurados militantes de CC.OO. lo que supuso un duro golpe para el sindicato vertical y permitieron la consolidación de CCOO como movimiento organizado. La primera Reunión General de las CCOO del Estado tiene lugar en junio de 1967, en Madrid. En noviembre de 1967 el Tribunal Supremo declara a CCOO como organización subversiva e ilícita, por lo que deja de ser un movimiento semilegal para pasar a estar perseguido. A partir de entonces sus dirigentes son detenidos y encarcelados sistemáticamente. A pesar de la represión los conflictos colectivos, los paros y las huelgas organizadas por CCOO no cesan. Esta táctica se culminaría en las elecciones sindicales de 1975, en plena agonía del régimen franquista, donde CC.OO. conseguiría la abrumadora mayoría de los delegados elegidos en las principales empresas del país. Esto le haría arrancar con fuerza con la caída del régimen para estar a la cabeza de las numerosas huelgas y movilizaciones obreras que conquistaron los derechos sociales, políticos y laborales para la clase trabajadora.

El 27 de abril de 1977, después de la legalización de los partidos políticos, son legalizados los sindicatos y se cierra una larga etapa de represión; así nace legal y jurídicamente la Confederación Sindical de Comisiones Obreras, que celebra su primer Congreso en junio de 1978, siendo elegido secretario general Marcelino Camacho, que se mantiene en el cargo hasta 1987.

En 1978 se celebran las primeras elecciones sindicales democráticas, que son ganadas por CCOO En la actualidad CCOO continúa siendo el sindicato mayoritario.