El 28 de marzo de 1923 el conjunto sigenense había sido declarado Monumento Nacional, lo que no evitaría su destrucción pocos años después. Esto ocurrió apenas un mes después del estallido de la Guerra Civil (1936-1939), cuando una columna de milicianos anarquistas que se dirigían al frente de Huesca incendiaron el monasterio. Durante los días que duró el fuego, las techumbres y forjados de madera, así como sus retablos y mobiliario, fueron pasto de las llamas, lo que constituyó una de las pérdidas más dolorosas del patrimonio histórico-artístico aragonés. Únicamente la iglesia de traza románica y el panteón real se salvaron de la catástrofe.

Casi una década después del final del conflicto, se realizaron labores de desescombro y restauración en las ruinas, tras lo que sólo quedó el armazón inicial del edificio. Afortunadamente, también se pudo salvar parte de las pinturas murales que decoraban la Sala Capitular; pinturas de estilo románico del siglo XIII que algunos autores han calificado como las más originales del occidente europeo de su época. Éstas fueron consolidadas, arrancadas y trasladadas, en calidad de depósito, al Museo Nacional de Arte de Cataluña (Barcelona) en 1940.

Aunque tras el incendio el edificio quedó inhabitable, los trabajos realizados permitieron que a principios de los años cincuenta la comunidad de religiosas de la Orden de San Juan de Jerusalén se instalara de nuevo en él. Allí permaneció la comunidad hasta que las últimas monjas se incorporaron al barcelonés monasterio de Vadorreix (Barcelona). En 1988, el edificio fue cedido a una nueva comunidad religiosa, la Orden de Belén y de la Asunción de la Virgen, que habitó el monasterio hasta julio de 2020. Entre medias, en 1995, con la remodelación de las diócesis aragonesas y catalanas dejó de depender del obispado de Lérida y pasó a hacerlo del de Barbastro-Monzón.

En la actualidad, Santa María de Sigena se encuentra deshabitado, pero continúa abierto al público para todas aquellas personas que quieran conocer personalmente la historia del monasterio y lo que se ha conservado del centro religioso. 

Sergio Baches Opi, ¡Fuego!: la destrucción del monasterio de Sigena, Sariñena, Sariñena editorial, 2021

Sobre el incendio de Sigena de 1936

«Comenzó a arder Sijena; Adolfo, Jacinto y yo, después de la quema del Salón del trono y toda la nave aquella hasta que se acabó el fuego, pedimos autorización para salvar algo de la biblioteca y archivo de Sijena. El Ayuntamiento con anterioridad había dejado sacar todo lo que les interesaba a las monjas y luego repartieron todo lo que era de carácter utilitario, que fueron almacenando, como eran camas, colchones, sillas, bancos, etc. pero no así las obras de arte. Encima de la Sala Capitular, que pocos días después íbamos a ver consumida por el fuego, estaba la Biblioteca y allí estuvimos un gran rato sin saber qué hacer (…). No disponiendo de medios de transporte (sólo llevábamos un Opel de Adolfo, del que llenamos todo su maletero de documentos, pero nada más) el anuncio que se nos hizo del comienzo de la reanudación del fuego (…) hizo que desistiéramos del propósito, aunque sí tuvimos tiempo suficiente para darnos idea de los fondos que contenían la Biblioteca del Monasterio y que no había obras de importancia, aunque si muchas cosas que tenían valor meramente artístico, como los Libros de Horas miniados.»

Julio Arribas Salaberri, Historia de Sijena, Lérida, Diputación provincial de Lérida, 1975, p. 176

• Baches Opi, Sergio, «El monasterio de Santa María de Sigena» en Gavín González, Gonzalo, Comarca de los Monegros. Colección Territorio: 1, Departamento de Presidencia y Relaciones Institucionales, Zaragoza , 2005, pp. 183-195.
• Baches Opi, Sergio, ¡Fuego! La destrucción del monasterio de Sigena, Sariñena, Salvador Trallero, 2021
• Foguet Gómez, Montserrat, Historia del real monasterio de Sigena [en línea], Instituto de Estudios Sijenenses Miguel Servet, 2004. Disponible en: http://www.miguelservet.org/historia.htm
• Palacios Sánchez, Juan Manuel, Real Monasterio de Sijena. Memoria histórico-descriptiva de los acontecimientos acaecidos desde el año 1936 a 1954, Calahorra, 1954.
• Palacios Sánchez, Juan Manuel, «Las prioras del real y nobilísimo monasterio de Sijena desde 1930 a 1974», Argensola: Revista de Ciencias Sociales del Instituto de Estudios Altoaragoneses, nº 71-78, 1971-1974, pp. 53-70.
• Palacios Sánchez, Juan Manuel, El Real monasterio de Sijena Introducción a la historia del monasterio, Caja de Ahorros de la Inmaculada, Zaragoza, 1980.
• Pano y Ruata, Mariano de, El Real Monasterio de Sigena. Su historia y descripción, Lérida, 1883.
• Pano Ruata, Mariano de, El monasterio de Sigena: la serie prioral, Gambón, Zaragoza, 1932.
• Ubieto Arteta, Agustín, El Monasterio dúplice de Sigena, Instituto de Estudios Altoaragoneses, Huesca, 1986. Disponible en red: http://www.iea.es/documents/73041/7c2a6a99-1495-40c3-a119-fa5441a764e9
• Ubieto Arteta, Agustín, El Real Monasterio de Sigena: 1188-1300, Anubar, Valencia, 1966.