Alfonso III estuvo inmerso en los conflictos iniciados durante el reinado de su padre, Pedro III. La guerra en el Mediterráneo por el dominio de Sicilia no concluyó hasta el tratado de Tarascón, en 1291, e incluyó una expedición de castigo contra su tío Jaime, rey de Mallorca, por favorecer la invasión francesa de la Corona.
En clave interna, el conflicto con los aragoneses coaligados en la Unión se agravó, pero las enormes concesiones reales a favor de los rebeldes facilitaron la pacificación en 1288. En 1289 reunió las Cortes Generales en Monzón para aprobar una reorganización del gobierno de la Corona.
Murió el 18 de junio de 1291 y su cuerpo se enterró en el convento de San Francisco de Barcelona, desde donde se trasladó a la catedral de Barcelona en el s. XIX.
Documentos de Alfonso III en DARA