Fernando nació el 10 de marzo de 1452 en la villa de Sos. Fue nombrado heredero de Aragón después de la muerte de su hermano Carlos de Viana, y asumió el trono cuando falleció su padre Juan II en 1479.
El matrimonio entre Isabel de Castilla y él, acordado en 1475, permitió a ambos iniciar el proyecto de una monarquía peninsular, que progresivamente incorporó Granada (1492) y Navarra (1512). Los Reyes Católicos crearon el Tribunal de la Inquisición para atajar las disidencias religiosas, perseguir enemigos políticos e imponer su autoridad. En 1492 decretaron la conversión forzosa o expulsión de los judíos de todos sus reinos.
Al morir la reina Isabel en 1504, Fernando II abandonó el gobierno de Castilla y regresó a la Corona de Aragón, donde contrajo un segundo matrimonio con Germana de Foix. A causa de la prematura muerte del único hijo varón de este enlace, la herencia recayó en Carlos I, uniendo definitivamente Aragón y Castilla en una monarquía hispánica.
Falleció en el pueblo extremeño de Madrigalejo el 23 de enero de 1516. Fue enterrado en la Capilla Real de Granada junto a su primera esposa, Isabel.
Documentos de Fernando II en DARA