La Inquisición fue establecida por Fernando II como herramienta de control ideológico y persecución de la herejía y las disidencias, lo que ocasionó una fuerte resistencia entre las instituciones del reino. El tribunal de Zaragoza se fundó en 1482, y tenía competencias sobre el territorio aragonés y Lérida, aunque Teruel estaba excluida. Pervivió durante todo el Antiguo Régimen hasta su abolición definitiva en 1834.
Su sede se situó en la Aljafería desde el comienzo de su actividad.
Documentos medievales del Tribunal de la Inquisición en DARA
- José Ángel Sesma Muñoz, El establecimiento de la Inquisición en Aragón (1484-1486), Fuentes Históricas Aragonesas 15, Zaragoza, Institución Fernando el Católico, 1987.
- "Los documentos de la Inquisición aragonesa en Internet", en Boletín DARA-Novedades. Documentos y Archivos de Aragón, nº 5.
- Fondo de procesos del Tribunal de la Inquisición de Zaragoza en la Bibliothèque Municipale de Bordeaux.
- Ángel Alcalá Galve, Los orígenes de la Inquisición en Aragón: S. Pedro Arbués, mártir de la autonomía aragonesa, Zaragoza, Diputación General de Aragón, 1984.
- José Ángel Sesma Muñoz, Fernando II y la Inquisición, el establecimiento de los tribunales inquisitoriales en la Corona de Aragón (1479-1490), Madrid, Real Academia de la Historia, 2013.