Borja fue conquistada en 1122 por Alfonso el Batallador, que otorgó una carta de capitulación a los musulmanes que la habitaban. A lo largo de la Edad Media perteneció a numerosos señores laicos, hasta que Alfonso V la incorporó a la Corona y la ascendió al rango de ciudad en 1438.
En 1495 contaba con 469 fuegos.
Su documentación se conserva en el Archivo Municipal de Borja.
Documentos medievales del concejo de Borja en DARA
- Juan José Morales Gómez y Manuel José Pedraza Gracia (editores), Fueros de Borja y Zaragoza. Edición crítica e índices, Zaragoza, Editorial Anubar, 1986.
- Pedro Rújula López y otros, Historia de Borja: la formación histórica de una ciudad, Borja, Ayuntamiento, 1995.
- María Isabel Falcón Pérez, “La localidad aragonesa de Borja: su azaroso tránsito de villa a ciudad”, en Acta historica et archaeologica Mediaevalia, nº 26 (2005), pp. 205-219.