La villa se incorporó al reino de Aragón en época de Alfonso el Batallador, igual que todo el Campo de Borja. Ainzón perteneció al señorío laico de los condes de Luna desde mediados del siglo XIV, y en 1435 pasó a la jurisdicción del abad de Veruela, en la que permaneció durante el resto del Antiguo Régimen.
En 1495 contaba con 106 fuegos.
Su documentación se conserva en el Archivo Municipal de Ainzón.
Documentos medievales del concejo de Ainzón en DARA
- Manuel Ramón Pérez Giménez, Ainzón, señorío del monasterio de Veruela (Historia de una relación 1453-1820), Borja, Centro de Estudios Borjanos, 1999.