Se trata de un monasterio masculino de la orden de San Benito. Fue fundado a comienzos del siglo XI por iniciativa de Sancho III el Mayor de Pamplona. Los primeros reyes de Aragón lo favorecieron, dotándolo de un importante dominio, y lo convirtieron en panteón real: allí se enterraron Ramiro I, Sancho Ramírez, Pedro I y sus parientes.
A pesar del alejamiento de la monarquía a partir del siglo XII, siguió siendo una de las instituciones eclesiásticas más poderosas del reino de Aragón durante el resto de la Edad Media.
La mayor parte de su fondo documental se conserva en el Archivo Histórico Nacional (Madrid), y se puede consultar en PARES. Portal de Archivos Españoles. Otros fondos menores se encuentran en la Biblioteca de la Universidad de Zaragoza, el Archivo Histórico Provincial de Huesca o el monasterio de las Benitas de Jaca.
Documentos medievales del monasterio de San Juan de la Peña en DARA
- Ana Isabel Lapeña Paúl, El monasterio de San Juan de la Peña en la Edad Media (desde sus orígenes hasta 1410), Zaragoza, Caja de Ahorros de la Inmaculada, 1989.